میکروسکوپ الکترونی عبوری را می توان از نقطه نظر قدرت تفکیک و بزرگنمایی، قوی ترین میکروسکوپ در دنیای علم دانست؛ همین جایگاه ویژه ، موجب شده تا اطمینان از نتایج آن برای کاربر اهمیت زیادی پیدا کند. کالیبراسیون برای ایجاد اطمینان بیشتر از نتایج این دستگاه بسیار ضروری بوده و باید به صورت دوره ای انجام شود. از این رو در این مقاله تلاش شده تا روش مناسب برای کالیبراسیون و همچنین تعیین عدم قطعیت با استفاده از این ابزار مورد بررسی قرار گیرد. در ابتدا نیاز است تا برخی مفاهیم کلیدی در بحث کالیبراسیون و عدم قطعیت مورد معرفی شود.